琴的死亡在X戰警中造成了持續的影響，斯科特和金剛狼羅根恍然若失。學院的教學任務落在了風暴女和金剛狼等人的肩上，異種人在這里才能得到身份的認同。某公司從一名異種人兒童的基因中提取出了還原變異的X基因的“解藥”，可以令異種人的身體與常人無異，解藥的問世在異種人中引起了強烈反響，萬磁王四處聯系不愿改變體質的異種人，試圖用暴力反抗人類社會的不公平待遇。金剛狼等人發現琴并未死去，而且她被喚醒的第二重人格擁有極為強大的力量，X教授和萬磁王各自爭取琴，她成為了改變異種人世界的關鍵人物……