一天，工藤大器偶然聽到了神秘聲音的呼喚，而成為了指揮官，與朋友們一起來到了數碼世界中，在那里認識了眾多的數碼獸同伴。然而他們將要擔負起拯救數碼世界的重任。為了防止企圖稱霸數碼世界的巴古拉軍而努力的收集著各個領域的水晶，令他們意想不到的是在數碼世界中除了他們外竟然還有別的人類在數碼世界中活躍著…