杜仲（郭晉安 飾）是京城內的一位名醫，因為醫好慈禧太后（羅蘭 飾）久治不愈的疑難雜癥而被破格升職為御醫，遷入了紫禁城之內。成為御醫之后，杜仲憑借著他聰慧的才智和高超的醫術聞名于紅墻之內，深得皇上和太后的信任。然而，杜仲卻在被囚的光緒身上看到了奪目的帝王之氣，并因此而被卷入了殘酷的政治斗爭之中。杜仲家中有一妻洪百合（賈曉晨 飾），因其不能生育，又納了茯苓（楊怡 飾）為妾。哪知道茯苓俠肝義膽，竟在洞房花燭之夜和人私奔，杜仲為了成全這段郎情妾意，寫下了休書成全他們兩人。哪知道數年后，被情人拋棄的茯苓和杜仲重逢并成為了好友，兩人合作天衣無縫屢破奇案，時間久了，居然真的生出了情愫。
杜仲用銀針為光緒驗尸，證實光緒是服砒霜而死；杜仲回想起他返瀛臺了解光緒駕崩之事，肯定光緒死前曾寫下遺書。慈禧向外公布光緒因病駕崩，伏苓勸杜仲勿介懷他的死因。杜仲如實告知慈禧光緒死因，慈禧不信反斥責…
杜仲肯定光緒死於砒霜，各人提出殺光緒的可疑人，當中載灃曾被光緒揭穿對君主立憲陽奉陰違，而玉貴則是推珍妃下井的真兇。玉貴所作所為令光緒怒不可遏，到頤和園對他拳打腳踢，弄致頭破血流，幸得慈禧制止。光緒…
