當HYDRA的秘密不再是秘密之后，該劇便可以全力在這方面展開劇情了。在第二季中，新任神盾局局長Coulson和他的團隊成了「通緝犯」，HYDRA組織仍在追殺他們，而且能夠調動的資源已經非常有限，但那不會阻止他們繼續「為世界的和平與安全而戰」——畢竟已知的和未知...
麥克找到斯凱，將她從監禁中釋放了出來。嘉穎要求神盾局的人延長密碼的時間，但是沒有人愿意投降。亨特和梅尋找芭比，亨特找到芭比，但是沃德在房間里設置了機關。芭比用自己的身體擋住了槍口。沃德殺了梅卻發現…
嘉穎殺了羅伯特，她拿羅伯特的槍朝自己開了一槍，她出去告訴斯凱是羅伯特朝自己開的槍。戈登劫持了神盾局的戰艦，并且朝嘉穎開火。這一切激怒了斯凱，此時梅趕到，斯凱和梅動手。庫爾森也十分困惑，他覺得羅伯特…
