《仙劍奇俠傳三》故事發生在《仙劍》第一代的五十年前，那時候，李三思剛剛發出赤子的第一聲啼哭；巫后還是襁褓中的嬰兒，而劍圣，則還沒有拜入蜀山修仙…… 事情的起因是從鎖妖塔頂端突然坍塌，封印被解除開始的，但是，更深層的因果卻要追溯到千年前的神界。 神將軍飛蓬與魔將軍重樓因兩界的沖突而屢屢交手，一直難分勝負，兩人逐漸有惺惺相惜之意。 重樓提出要和飛蓬在自己發現的一處新仙界中決斗，一較高下，飛蓬礙于神界天規而猶豫再三，最終經不起重樓誘惑而答允。 兩人勢均力敵，比試曠日持久，最終驚動了天庭，天帝派兵捉拿飛蓬問罪，飛蓬因感知到追兵將至而分心，佩劍被重樓打落人間而落敗…… 光陰荏苒，飛蓬被神界問罪貶為人，經過多次轉世成為渝州唐門新安當鋪伙計景天。 同時，重樓一直想和飛蓬完成那場未打完的決斗，于是來到人間，滋擾蜀山，想要幫飛蓬找回佩劍，無意中毀壞了鎖妖塔，偶然得到了飛蓬在人間第一世——姜國太子龍陽鑄煉的魔劍。 景天結識了唐門小姐雪見，后重樓尋到景天，向他發起挑戰，并將魔劍給予了景天，從此景天改變了自己的生活。 一開始被卷入雪見家族的內部斗爭以及霹靂堂的毒人事件之中，而后與蜀山大弟子長卿被蜀山派往天界天池銷毀五位長老的邪念，但是由于長卿的一時心軟，卻給六界帶來了一場劫難……一直隱藏在魔劍中的鬼魂化身而出，竟然是景天前世龍陽的妹妹龍葵。 幾個人的情愛糾葛，生離死別反復交織糾纏，雪見的離奇身世，紫萱不為人知的秘密，長卿幾世的離奇回憶，龍葵長久以來的心中愿望……伴隨著人類與妖界死生存亡的爭斗，而其實人的欲望，才是所有紛爭的本源。
