本片以海洋作為故事背景，融合動作、探險、學齡前海洋生物科學課程以及團隊協作等內容，加入了具有中國文化元素的動物形象，通過擬人化手法，與片中原有海底小縱隊的成員們一起作為核心角色，演繹一系列全新的、具有東方文明色彩的動畫故事。每集故事都建立在一次探險的基礎之上，海底小縱隊的小英雄們在克服險境探索海洋奧妙的同時發現未知生物，向全世界的小朋友介紹有關這些動物知識和海洋知識，并讓他們學會團隊合作與協助。海底小縱隊隊員們盡管性格迥異，但在工作和生活中相互關心、相互幫助，在困難面前勇敢拼搏、團結一心，充分發揮每一成員的特長和智慧。他們完成了一個又一個艱難而又有趣的援救任務，每一次任務完成后，他們都會把歸納出來的海底報告編成歌曲，把每集內相關的科學知識點用優美動聽的歌曲唱給小朋友們聽。
