故事緊接第一作的結局劇情而展開。在爆丸中，初代爆丸6戰士在合力擊敗掌握沉寂核心的白色怪獸白龍之后，爆丸世界和人類世界恢復了和平。但是和平只是短暫的，在那不久之后的一天，因意外的時空扭曲出現了一個空間聯結，從那里出現了一個企圖利用爆丸侵占世界的邪惡組織Hex，他們對爆丸世界實施侵略