朝霞映照的海面上，漂浮著一艘裝滿炸弾的謎一般的船只。該船就是一切的開始。又是炸彈，地點是京都·舞鶴港沖。 海上自衛隊舉辦了難得的宙斯盾驅逐艦體驗航海。電子武裝的高科技艦船展開的驚心動魄的航海。柯南和蘭、小五郎、探偵団正在享受時，然而，突然之間，響起巨大的聲響，艦內回蕩起騷動的氣氛。不久，發現了失去左臂的遺體！而且是自衛隊員的遺體！ 遺體旁邊留下了幾個可疑之處。參與捜査的柯南、知道艦內潛入了某國的間諜X。究竟間諜X是何人？和迷船又是什么關系？不久，間諜的身影開始接近柯南他們。這次航海隱藏著巨大的陰謀，遠遠超出了想像、將影響整個日本！