某天，小新（矢島晶子 配音）閑逛的時候撿到一個動感超人的面具，戴上面具后，小新發現自己竟然能和動感超人通話。他被任命為代表正義的動感間諜，專門與邪惡勢力作戰，并且見到了他的搭檔——7歲女孩蘇諾萌·檸檬（愛河里花子 配音）。在檸檬的帶領下，小新開始作為動感間諜的艱苦訓練。在這一過程中，面向兇惡的怪大叔不斷偷襲小新，而在這一系列事件背后，似乎又隱藏著兩個神秘的國家——無聲屁共和國與不放屁王國。