本故事的時代背景在24世紀.彼時人類在火星上進行行星地球化改造工程,由于兩極冰帽融解的水量超乎預期,全星球有90%被海洋覆蓋,因而被人稱呼為"水星"(AQUA).在此星球上有個以過去被稱為水都的威尼斯為范本所建造的城市新威尼斯(Neo-Venezia),因其仿古的建筑與承襲傳統的生活方式而廣受觀光客喜愛,而其中有一種駕駛小舟穿梭于運河之間,帶領觀光客游覽整座城市的職業,被稱為領航員(Undine).出身于地球的水無燈里,以成為能獨當一面的領航員為目標而來到新威尼斯,目前在 艾莉西亞 和 亞利亞社長 的 Aria Company 中見習.身為半熟手的她,每天都持續練習操控貢多拉及觀光導覽.《水星領航員》便是在描寫燈里以及她身旁的朋友在一年四季中的日常生活點滴.