小行星撞擊地球，主要大地受到名為「忍」（シノビ）的毒害，形成異形攻擊人類，人們只能逃向以前是海底的「海陸」；拯救的方法唯有復活「機神將」（機神將（ギガロード））。約五百年后，亡國「伊勢」的公主巫女雨、與擁有人間兵器「柳生」（ヤギュウ）之血的少年周防二人挺身而出……