秘密行動組第三季開始，Jonas在逃往巴拿馬時被政府刺客盯梢。在華盛頓，Col. Ryan嘗試去搞清楚誰是試圖拆散秘密行動組的幕后黑手，想要了解接近真相的答案。在回基地時，Tiffy去監獄看望悲慘的Mack，希望能拯救他們崩潰的婚姻。Kim把孩子安置好之后回到德克薩斯的家。最后，Jonas和他的團隊一邊逃避被追捕，一邊嘗試找出秘密組織瓦解背后主謀的身份。他們還要搜尋被關在隱秘位置受著折磨的Mack。回到基地，Kim被CIA監視著，Jonas委任她一個很重要的任務......