故事舞臺發生在架空的城市──日本美空市美空町，除此之外還有魔女世界和魔法堂等。自稱為“世界上最不幸的美少女”的春風DoReMi，一直相信這世界上有魔女，并希望自己成為魔女后可以向喜歡的人表白。有一天放學時，春風DoReMi經過一間名叫“新旗山莉卡魔法堂”的店鋪。進入一探究竟時，碰巧拆穿了當時魔法堂的老板－“魔女莉卡”具有魔女身份，而導致她變成魔女青蛙。由于只有正式的魔女才可讓魔女莉卡恢復原貌，為了幫助魔女莉卡回復原狀，DoReMi成為了魔女見習生，并要在見習魔女9個級別（第9級至第1級）的考試中合格，從而取得魔女的象征──自己的水晶球，才能成為正式魔女。期間，初貴、愛子與DoReMi的妹妹泡泡，因為先后知道DoReMi是魔女見習生，為了不讓DoReMi也變成魔女青蛙，因此也陸續成為魔女見習生。為了賺取使用魔力所需的魔法珠，所以要時常在魔法堂幫忙。期間也慢慢的參加升級試。在升級試的途中，Doremi等人獲得了精靈陪伴。