《隱形同盟》的故事發生在1943年的柏林。當時納粹宣布他們的“首都”已經清除了猶太人。而事實上，約有7000名猶太人隱藏了身份，納粹的清洗工作仍在悄然進行。影片聚焦了4位幸存者的故事。將滿17歲的Hanni Lévy失去了父母，她因為面龐長得像日耳曼人，因此染成金發以躲避追捕。Cioma Sch?nhau靠偽造護照拯救了很多猶太人的生命，他自己也混在柏林的上流社會，買游艇，出入高檔餐廳。Eugen Friede加入了抵抗組織，偷偷在城里發放反對納粹統治的傳單。Ruth Arndt白天夢想著去美國重新開始，晚上假裝成一個戰爭寡婦，在納粹軍官的公寓里賣黑市食品。危險慢慢逼近一個又一個同胞。Ruth利用自己得到的情報，通過Cioma的金錢和手腕，幫助抵抗組織和Hanni躲避納粹的追捕。到1945年納粹投降的時候，躲藏在柏林的隱形猶太人還剩1700名，其中不少被Ruth和Cioma這樣的隱形英雄所救。